Após penalização de 8 segundos a Aldeguer por pressão de pneus na corrida Sprint, abaixo fica a classificação após a penalização:
| 2025 Malaysian MotoGP, Sepang – Sprint Race Results | ||||
| Pos | Rider | Nat | Team | Time/Diff |
| 1 | Francesco Bagnaia | ITA | Ducati Lenovo (GP25) | 19m 53.725s |
| 2 | Alex Marquez | SPA | BK8 Gresini Ducati (GP24) | +2.259s |
| 3 | Pedro Acosta | SPA | Red Bull KTM (RC16) | +5.155s |
| 4 | Franco Morbidelli | ITA | Pertamina VR46 Ducati (GP24) | +6.541s |
| 5 | Fabio Quartararo | FRA | Monster Yamaha (YZR-M1) | +8.468s |
| 6 | Marco Bezzecchi | ITA | Aprilia Racing (RS-GP25) | +10.232s |
| 7 | Fermin Aldeguer | SPA | BK8 Gresini Ducati (GP24)* | +11.138s |
| 8 | Johann Zarco | FRA | Castrol Honda LCR (RC213V) | +12.627s |
| 9 | Enea Bastianini | ITA | Red Bull KTM Tech3 (RC16) | +12.974s |
| 10 | Fabio Di Giannantonio | ITA | Pertamina VR46 Ducati (GP25) | +14.515s |
| 11 | Pol Espargaro | SPA | Red Bull KTM Tech3 (RC16) | +14.924s |
| 12 | Ai Ogura | JPN | Trackhouse Aprilia (RS-GP25)* | +15.394s |
| 13 | Raul Fernandez | SPA | Trackhouse Aprilia (RS-GP25) | +15.461s |
| 14 | Jack Miller | AUS | Pramac Yamaha (YZR-M1) | +17.601s |
| 15 | Alex Rins | SPA | Monster Yamaha (YZR-M1) | +17.721s |
| 16 | Brad Binder | RSA | Red Bull KTM (RC16) | +18.248s |
| 17 | Somkiat Chantra | THA | Idemitsu Honda LCR (RC213V)* | +22.398s |
| 18 | Lorenzo Savadori | ITA | Aprilia Factory (RS-GP25) | +22.478s |
| 19 | Augusto Fernandez | SPA | Yamaha Factory Racing (YZR-M1 V4) | +25.412s |
| 20 | Michele Pirro | ITA | Ducati Test Rider (GP25) | +26.074s |
| Luca Marini | ITA | Honda HRC Castrol (RC213V) | DNF | |
| Miguel Oliveira | POR | Pramac Yamaha (YZR-M1) | DNF | |
| Joan Mir | SPA | Honda HRC Castrol (RC213V) | DNF | |
Com esta penalização Acosta #37 sobe ao pódio e fecha o mesmo em 3º lugar na corrida Sprint.
